La Junta de Gobierno aprueba la agenda de investigación de la Fundación, incluyendo las áreas de estudio. También autoriza las solicitudes de estudio e investigación y valora los trabajos de la Fundación, además de preservar la independencia de la misma. La Junta de Gobierno está conformada por las siguientes personas:
• Don Francisco Gil Díaz, Presidente de la Junta de Gobierno de FUNDEF.
• Don Alberto Baillères González, Presidente de la Junta de Gobierno del ITAM.
• Don Arturo Fernández Pérez, Rector del ITAM.
• Don Alberto Gómez Alcalá, Director de Estudios Económicos de Banamex.
• Don Alejandro Hernández Delgado, Vicerrector del ITAM.
• Don Guillermo Calvo, Profesor de la Universidad de Columbia.
• Don Guillermo Güemez García, Consejero Independiente Santander (México)
• Don Jaime Serra Puche, Presidente del Grupo BBVA (México) y Presidente de SAI Consultores.
• Don Ricardo Guajardo Touche, Consejero de BBVA (México)
• Don Jorge Sicilia Serrano, Economista en Jefe del Grupo BBVA
• Don Carlos Serrano, Economista en Jefe del Grupo BBVA (México)
• Don Ricardo Guajardo Touche, Consejero de BBVA (México)
• Don José Méndez Fabre, Consultor Independiente
• Don Jesús Marcos Yacaman, Consejero Independiente del Grupo Financiero Actinver
