La investigación constituye el núcleo de las actividades de la FUNDEF, de acuerdo con su condición de ser think tank. En coherencia con el espíritu fundacional, las investigaciones están orientadas a contribuir al desarrollo del sector financiero. Esta idea se concreta en una serie de líneas de trabajo, en las que siempre están presentes los principios de independencia y autonomía.

En cuanto a la dinámica de la investigación, FUNDEF apuesta por proyectos a largo plazo, aunque también se realizan trabajos de duración breve, adscritos a asuntos de coyuntura. En los proyectos suelen colaborar investigadores de calidad mundial.

Las líneas de investigación y los investigadores que se encuentran trabajando en los diferentes proyectos son las siguientes: